El 2 de Agosto de 1991, en la ciudad de Buenos Aires, los cancilleres de Argentina y Chile firmaron un Memorando de entendimiento sobre la integración física y facilitación fronteriza con el espíritu de materializar los deseos de hacer realidad los principios de colaboración e integración entre ambas naciones.El 29 de Mayo de 1992, en la ciudad de Neuquén, se reúnen los representantes de instituciones deportivas de las Repúblicas de Chile y Argentina y se suscribe el Acta acuerdo entre ambas naciones con el propósito de tomar acuerdos conducentes a establecer acciones recíprocas, que permitan una relación permanente de diversas áreas del Deporte y la Recreación. De esta manera los juegos de la Araucanía tuvieron como objetivo fortalecer y estrechar vínculos de unión y amistad entre las regiones y provincias del sur chileno y argentino.El 7 de Abril de 1993 en la ciudad de Rawson (Chubut), se reúnen representantes de ambas naciones, con el propósito de formalizar acuerdos conducentes a elaborar el programa organizacional de la edición II de los Juegos de la Araucanía. De esta manera se determina como sede Neuquén y como fecha de realización del 14 al 18 de diciembre de 1993; siendo los deportes de competición el atletismo masculino y femenino hasta 16 años; voleibol femenino y masculino hasta 18 años; básquetbol masculino y femenino hasta los 18 años y fútbol hasta los 17 años. En cuanto a los promocionales participaron el atletismo masculino y femenino hasta los 14 años, voleibol masculino y femenino hasta los 16 años; básquetbol femenino y masculino hasta los 16 años, en tanto que como deportes invitados fueron el ciclismo hasta los 18 años y canotaje hasta los 18 años.
El 7 de Octubre de 1996, en la ciudad de Rawson (Chubut), se reúne el Comité Ejecutivo para deliberar sobre los Estatutos. De esta manera así queda conformada la estructura: Consejo General, Dirección Ejecutiva, Comité Técnico Asesor y Directorio Técnico. En cuanto a los organigramas de los Juegos se establece: Comisión de Honor, Comité Organizador, Secretaría General e Informaciones, Comité de Disciplina, Comisiones de Arbitraje y Control, Atletismo, Básquetbol, Ciclismo, Fútbol y Voleibol. Deportes y categorías: atletismo masculino y femenino hasta los 19 años, voleibol masculino y femenino hasta los 18 años, básquetbol femenino y masculino hasta los 18 años, ciclismo masculino hasta los 18 años, fútbol masculino hasta los 17 años.
El 4 de Abril de 1997, en la ciudad de Río Gallegos (Santa Cruz), se reúnen los integrantes del Consejo General, Comité Ejecutivo y la Comisión Técnica. Entre los temas tratados la IX Región propone la realización de los Juegos de la Araucanía de Verano, para ser desarrollado en el mes de febrero de 1998 en las ciudades de Villarrica y Pucón, considerando las disciplinas de beach-voley, canotaje y triatlón. Además se determina la conformación de comisiones para cada disciplina que estarán integradas por los árbitros y jueces oficiales designados por la organización sede y aquellos que se incorporen de otras provincias y regiones. Cada región y provincia deberá incorporar obligatoriamente un árbitro juez como parte de la delegación en la disciplina que determine. Se propone que el Judo continúe durante la VI edición de los Juegos de la Araucanía, a disputarse en la provincia de Chubut, como deporte invitado, para luego con el instrumento evaluativo se someta nuevamente a una revisión con posterior informe a la Comisión Técnica Asesora.
El 13 de abril de 1998, en la ciudad de Coyhaique (XI Región) se reunieron los integrantes de los Juegos de la Araucanía y se definieron los roles de cada uno. De esta manera el Comité Ejecutivo queda como máxima instancia deportiva Binacional, a la cual se le delegan todas las atribuciones pertinentes para el buen funcionamiento y garantía de los Juegos. Además comprendiéndose la importancia de definir quien debe ocupar el espacio de la actividad se aprueba incorporar un Secretariado Ejecutivo rentado, como instancia necesaria para el desarrollo de los Juegos. También se determina que cada sede deberá contar con la presencia de veedores y se ratifica la incorporación del Judo como deporte puntable.
En Junio de 1998, en Concepción (VIII Región), se establece el puntaje por equipos que se utiliza actualmente y se establece el sistema de credenciales.
El 16 de Abril de 1999 en Santa Rosa (La Pampa), se propone para el fútbol el sistema de tres zonas, que será utilizado hasta la edición 2004, cuando es modificado por situar en desventaja a las selecciones que integraban la zona de tres equipos. También se adopta una norma para los sembrados en las zonas y la alternancia, a través de las cuáles se evita suspicacias respecto de su armado y la confrontación entre equipos argentinos y chilenos. Por otra parte se acuerda que el ciclismo se regirá por el reglamento de UCI, lo que sucederá de manera progresiva.
El 6 de Noviembre de 1999, en Río Negro, se realiza una reunión extraordinaria debido a una situación de irregularidad por parte del equipo de voleibol femenino de Neuquén, el cual presenta en su plantilla tres jugadoras foráneas. Si bien el Comité Técnico autoriza el reemplazo de las mismas, el equipo no está completo para el primer encuentro porque las jugadoras incorporadas no llegan a tiempo y a esto se suma la lesión de otra, lo que implica que el equipo quede con seis integrantes y por lo tanto pierda los puntos del primer partido por necesitar siete jugadoras al estar inscripta una de ellas como líbero. Esta situación motivó un “insólito” pedido por parte del Representante de Neuquén, quien solicitó que se juegue nuevamente el partido.
El 3 de Marzo de 2000, en la ciudad de Temuco (IX Región) se realiza la primera reunión ordinaria de los Juegos de la Araucanía, conforme lo establece los Estatutos, en la cual participan integrantes del Consejo General y Comité Técnico de las provincias argentinas y regiones chilenas. En la misma se acuerda crear un calendario binacional con competencias abiertas, que permita a los deportistas incorporarse a ellas, para lo cual cada Provincia y Región debía presentar en la próxima reunión extraordinaria el listado de estas actividades y las condiciones para la atención de visitantes, junto a las bases que la regirán. Y se asigna a la VIII Región de Chile y a la provincia de Río Negro la elaboración de una propuesta de estructuración de un cuerpo arbitral para los Juegos de la Araucanía.
El 11 de Mayo de 2000, en la ciudad de Río Gallegos (Santa Cruz), se reúne el Consejo General y en la reunión La Pampa dice que se debe rescatar el espíritu de los Juegos, con el fin de garantizar la continuidad de los mismos dentro de nuestro país, y convivir con las federaciones para no permitir que nos gobiernen desde afuera.
El 5 de Julio de 2000, en la ciudad de Concepción (VIII Región) se reúne el Comité Ejecutivo y se acuerda con relación a la promoción de los Juegos, que cada país obtenga la marca registrada de los Juegos con el fin de velar por los derechos reservados y que deberán tener su página WEB.Con respecto a las reuniones ordinarias del Consejo General se establece que deberán ser dos al año, la primera en el mes de abril y la otra en el mes de agosto. En cuanto a los aspectos reglamentarios, se resuelve que las categorías, en la disciplina de Judo para el año 2000, serán las siguientes: 15,16 y 17 años; y que los listados definitivos deberán hacerse llegar 15 días hábiles antes del inicio de los Juegos. Además se eliminó el certificado médico quedando esta responsabilidad como acto previo en su respectivo país.
